2014年，北京市水务局正式委托生态环境中心作为第三方机构对其下属供水企业的水质进行定期检测，并在发生重大水质突发事件时，全面支撑政府的应急处置工作。我中心与北京市水务局及其下属的北京市自来水集团在科研、人才培养、水质管理及技术咨询方面的合作上升到了一个更高更全面的层面。同时，北京市水务局也认识到，多水源供水及全球气候变化等使得首都饮用水安全保障工作更加艰巨、复杂，需要从全球的视野通过高水平的国际合作进行应对。为此，水务局通过澳大利亚大使馆与澳大利亚供水领域的权威机构、长期与我中心有合作关系的南澳水务取得联系，产生了开展北京市水务局及其下属自来水集团与生态环境中心及南澳水务在“面对多水源、微污染及全球变化状况的饮用水安全保障技术与优化管理”方面开展三方合作的设想，并于今年启动了“针对南水北调水源高藻问题的应对方案及处置研究”和“产销差关键要素及管网优化运行对标绩效管理”两个课题。
        2016年6月6日至15日南澳大利亚水务集团藻类专家Peter Hobson博士和水处理技术专家Chris Chow博士应邀来访，围绕上述两个课题的研究计划与中心及自来水集团科研人员进行了深入的讨论，就共同推进事宜达成共识。6月13日下午，中心副主任杨敏研究员带领中心相关科研人员在北京市水务局与澳方专家、北京自来水集团技术人员及水务局领导进行了三方会谈，张萍副局长及科教处、供水处和水资源处的领导听取了三方合作工作汇报，对课题进展给予了较高评价，并期待能通过三方合作产生有显示度的成果。三方确定，今年下半年将在澳大利亚举办合作研讨会，并签署多层次合作的谅解备忘录，进一步提升三方合作的水平。